琼脂糖凝胶电泳是一种使用琼脂或琼脂糖作为支持介质的电泳方法。这种技术主要用于分离大分子样品，如核酸、病毒等，通常会选用孔径较大的琼脂糖凝胶进行电泳。以下是琼脂糖凝胶电泳中常见的一些问题及解决方案。

常见问题及解决方案

DNA带模糊与降解: 在琼脂糖凝胶电泳实验中，应避免核酸酶污染；定期更换电泳缓冲液，以防止其老化造成的离子强度下降和pH值升高，影响实验效果。

不合适的电泳条件: 进行电泳时，电压建议不超过20V/cm，温度应保持在<30℃，对于长DNA链，温度应低于15℃；确保缓冲液具有足够的缓冲能力。

DNA样品处理不当: 应减少在凝胶中上样的DNA量，避免样品含盐量过高，可通过乙醇沉淀去除多余的盐分。对于蛋白质污染，可采用酚抽提法去除。

DNA带迁移不规则: 对于λ/HindⅢ片段的cos位点复性，在电泳前可将DNA在65℃加热5分钟，再迅速冷却至冰块上。保持相关实验条件一致，以确保实验结果的可重复性。

DNA降解和带弱或无DNA带: 避免核酸酶污染，增加样品的上样量。如果使用聚丙烯酰胺凝胶，则上样量可以适当降低。

分子大小相近的DNA难以分辨: 为提高分辨率，可以增加电泳时间，并根据实验需求调整凝胶浓度。

实验准备注意事项: 准备琼脂糖凝胶时，关键试剂（如引物、酶、超纯水）必须确保有效且未受污染。建议标明个人名字并妥善保存，避免交叉污染。此外，建议在实验区保持清洁，使用酒精喷雾以固定空气中可能存在的DNA，并全程佩戴手套。

进行PCR实验时，建议首先使用经过验证的老体系，以确保可靠性。如果希望获得理想的电泳图，最好在PCR开始时就将凝胶倒制，并随时保持在适宜的温度。如果PCR样本需要隔夜保存，应将其放在4℃。在再次进行电泳时，建议将凝胶放置冷却约25分钟。

在琼脂糖凝胶电泳时，建议使用排枪来上样，这样不仅速度更快，而且样本加入胶孔的速度更为一致，且最好选用进口枪头。此外，无论电泳室的使用频率如何，都建议在每次实验中更换电泳液，以免出现形状不规则的条带情况。

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